南分院於2005年10月14日開幕運作，與新竹本院連動，以創新技術與服務，配合整體區域產業發展政策，協助南台灣產業升級。六甲院區與烏山頭水庫比鄰，院區景緻怡人，強調開放、參與、交流。 現規畫六大核心技術，朝國際一流前瞻科技研發中心邁進，並與產學密切合作，研發團隊進駐並經營經濟部南台灣創新園區，協助廠商創業育成。

南分院-六甲院區
位於六甲院區北研棟之工研院展示室：以數位生活、健康安全及綠色未來主題規劃與南部重點產業相符之展示，展示工研院南分院、能環、醫材等20項技術成果。並於院區北側建置二期宿舍、氫能應用測試驗證區及設置院友致贈之公共藝術品。此外，本院能環所執行經濟部能源局「氫能源開發與燃料電池應用研究」專案計畫，規劃投入1500萬於六甲院區南側綠色與數位科技屋旁建置「氫能應用測試驗證區」，建立氫能源之燃料、產氫、儲氫、輸配與應用之實驗場與基礎設施，安裝小型天然氣現場重組產氫、機械壓縮儲氫、複合金屬吸附儲氫與車輛加氫等裝置設備，可為未來氫能源供應體系之基礎設施，並進行測試驗證與效益評估。

六甲院區屬於山坡地之地形，院區除以完善之水保計畫為基礎外，集中並低密度開發，採用生態工法進行開發，在尊重原地形地貌的整體規劃下，造就本區山水相映成趣、虫鳴鳥叫、綠意盎然的豐富自然景觀。南分院同仁除科技研發外，並有生態社、山野社及一群熱心生態保育的同仁為美麗的院區盡心盡力。

組織發展
本院南分院以家庭網路、微系統、雷射應用、奈米粉體與薄膜應用及人機互動、科技化照護等中心實質經營，在各項發展上，都有長足進展，並已站穩腳步。

建構南台灣完整的實體和虛擬共同實驗室
南分院在經濟部「南部產業共同實驗室環構計畫」支持下，投入7500萬建置微系統、材料及雷射共同實驗室，包含:

1. 完成行動無線模組功能驗證平台及微致動感測元件設計與分析平台：建置與既有微機電相關設備與南部學研互補之CMOS MEMS設計/微機電被動和主動元件/模組及材料的特性檢測環境。
2. 奈米合金材料試驗機：建立金屬物性與高溫機械性質檢測、製程參數模擬能力，以供材料加工其試產製程參數之參考。
3. 奈米光學有機材料分析系統：建立光學薄膜檢測與製程模擬技術，應用於探討現有光學薄膜素材加工條件模擬，以供光學級材料試量產以及大量生產的所需完整參數之參考依據。
4. 雷射剝除實驗系統：建置平面顯示器及太陽光電產業所需之雷射源、光學設計模擬與光學量測儀器、雷射製程試作。 此外，以南台灣資源分享中心(http://www.airp.org.tw)為平台，結合南部八校(成大、中山、中正、南台、高應大、第一科大、勤益….)近400台設備，建構微系統、雷射、材料的南台灣無藩籬的虛擬共用實驗室已初步架構完成。結合實體及虛擬實驗室，將能發揮將南台灣學研設備最大效益。

未來推動方向
南分院朝「國際級產學研共同研發與創新育成中心」規劃發展，將持續並擴大結合南部在地豐富的產業研發資源並與南部學校合作，就近支援南台灣產業轉型及發展的需求；並規劃透過推動產業創新研發聯盟的模式，形成具有南台灣產業特色的創新研發社群。 未來規劃推動重點為：
一、除持續建至構南台灣研發資源分享平台之虛擬共用實驗室外，將繼續建置飛秒雷射、人機互動、微系統、材料等前瞻設備與各界分享。
二、擴大「前瞻產學研共同研發計畫」，除繼續推動南部跨校跨領域整合計畫研發外，將結合南部產學研參與南台灣資源分享平台之「創新蜂巢」並探索實現研發構想，以促進並帶動南部創新風潮。
三、投入整合人機互動科技相關技術之研究，以促動南部智慧玩具，互動遊戲/學習，智慧型互動型休閒運動器材…等產業發展。
四、結合南分院ICT環境感知、資通訊、感測及院內外資源…等跨領域技術，發展科技化照護服務系統及輔具技術，並規劃創新照護營運模式，以科技關懷在地養老。
五、結合國內 IC產業上下游資源，推動CMOS/MEMS技術研發聯盟，加強3D fly mouse技術多元應用及佈局微麥克風、微致動器及無線生理貼片等相關技術，以促成國內微系統產業形成。
六、除繼續推動雷射微製程研發聯盟及應用於顯示及太陽能技術開發外，朝雷射源技術自主及孕育南部雷射新興產業努力。
七、創新園區的經營期能突破累計100家廠商進駐，其中創業育成達35家以上、5家國際級企業或機構設立研發推廣中心及產業人才培訓10000人次的目標。

南分院-南創園區
「南台灣創新園區」即是一個專為促進及帶動南部產業創新研發風氣，進而協助產業轉型與升級而設計的創新研發專區。經濟部委託工研院規劃、監造與營運，陸續投入12億之經費，於台南科技工業區內興建總建築面積計一萬四千五百八十坪，兼具科技、人文、生態之多功能服務、研發大樓及相關景觀工程的「南台灣創新園區」，共可容納營運、研發團隊及開放實驗室進駐廠商約1000人，其中600人為進駐開放實驗室之廠商，進行技術共同研發或創業育成，另外，並引導工研院、資策會、食品所等研究機構近400人進駐，以就近協助業界進行創新研發。
由工研院南分院組成的經營及研發團已進駐創新園區，涵蓋工研院微奈米系統、網路與通訊、先進材料與製程等，將可提供各項研發與專業服務協助廠商創業、研發，進而活絡南台灣新創事業，協助南台灣產業轉型，建立新的創新研發園區模式。
在工研院提供的多項產業創新服務中，開放實驗室更是重要的一環，因此以工研院的開放實驗室為理念，複製並改進新竹院區開放實驗室之成功經驗到「南台灣創新園區」，將成為南部地區產業創新研發新標竿及新據點，也是工研院服務產業的能量向南台灣延伸的重要開端。
創新園區設有圖書服務、視聽視訊、數位學習、數位資源的資源學習中心，為廠商提供知識管理的服務，以提升創新、專業的水準；更擁有高水準的國際會議廳、簡報室及各式會議室及研討室，提供優惠租金予園區內廠商辦理相關研討會。此外，園區引進財會、專利、智權、法務、產業資訊…等專業服務，提供企業全方位的研發與創業服務與協助。同時，於園區內設立『經濟部南台灣創新園區聯合服務中心』，導入政府各項資源，就近支援服務南部業界，發揮更高的產業效益。

南創園區網址: http://www.sirdp.org.tw